博物館常常受到地方政府經濟建設總體目標的影響，把門票收入擺在首要位置，甚至主動和旅游部門相聯系，以追逐經濟利益為主要目標，忽視文物保護的重要性，國家有關文物保護的法律與法規難以有效實施，文物保護與管理工作失控。
博物館藏文物的保護與管理人員配備不足，常常是一人兼多職，而現有的文物保管人員業務方面的熟練程度存在著較大差異，缺乏文物保護方面的專門培訓。此外，文物保護的硬件設施簡陋，工作設備與工作場所得不到保障，文物庫房比較狹小，并且庫房的防蟲、防霉設備以及溫度、濕度的條件難以達到科學的標準。
若要從其他渠道申請文物保護經費也非常困難。由于經費短缺，許多重要文物不能得到有效的保護和修復，只能任其損壞，文物保護人員的積極性也難以提高; 更重要的是，許多民間流散的文物不能及時回收，造成文物的流失。
